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1937年，隨著華夏大地全面抗戰(zhàn)的爆發(fā)，中國第一家兒童醫(yī)院“上海難童醫(yī)院”赫然問世，在創(chuàng)始人富文壽教授、蘇祖斐教授的帶領(lǐng)下，兒童醫(yī)院前輩們淡泊名利，免費救治難民患兒，前赴后繼創(chuàng)造了中國兒科史的奇跡。1940年改稱上海兒童醫(yī)院。1953年，新中國成立后，上海兒童醫(yī)院與上海市兒童保健所合并，正式更名為“上海市兒童醫(yī)院”，成為國內(nèi)第一家臨床學(xué)科齊全，集醫(yī)療、保健為一體的綜合性兒童專科醫(yī)院；期間，創(chuàng)刊了《中華兒科雜志》。
在黨和政府的關(guān)心、支持下，上海市兒童醫(yī)院始終致力于上海的兒童醫(yī)療事業(yè)，并在最艱苦的條件下攻克了一個個兒科醫(yī)學(xué)難題， 首創(chuàng)小兒外科獨立設(shè)科和應(yīng)用鮮魚肌蛋白喂養(yǎng)營養(yǎng)不良而瀕臨死亡的兒童，奠定了我國小兒外科學(xué)和兒童營養(yǎng)學(xué)的基石。1954年，宋慶齡女士特地來到兒童醫(yī)院視察工作。
50年代初期，中國的兒科醫(yī)學(xué)正處于從無到有的創(chuàng)業(yè)階段，中國小兒外科創(chuàng)始人馬安權(quán)教授，克服種種困難自行研制出一套適合兒科使用的外科手術(shù)器械，主編了我國第一部小兒外科學(xué)專著《小兒外科學(xué)與小兒矯形外科學(xué)》。
進(jìn)入改革開放以來，特別是在1994年由康定路搬遷至北京西路院區(qū)后，醫(yī)院獲得新的發(fā)展和壯大，開設(shè)有兒科類全部專業(yè)，形成集醫(yī)療、保健、教學(xué)、科研、康復(fù)于一體的三級甲等兒童醫(yī)院，擁有包括中國工程院院士在內(nèi)的百余名專
上海醫(yī)學(xué)遺傳研究所是我國第一家醫(yī)學(xué)遺傳研究所。30多年來，在曾溢滔院士和終身教授黃淑幀的帶領(lǐng)下取得了豐碩的科研成果，成功研制出我國第一頭整合了人血清白蛋白基因的轉(zhuǎn)基因牛“滔滔”，被評為“中國科技十大進(jìn)展”之一。
進(jìn)入二十一世紀(jì)，醫(yī)院在學(xué)科建設(shè)和臨床水平上有了進(jìn)一步的提升，擁有包括重癥醫(yī)學(xué)科在內(nèi)的2個國家臨床重點�？�，成功完成了一系列疑難疾病的診治工作。2009年，醫(yī)院多學(xué)科協(xié)同作戰(zhàn)，成功完成了醫(yī)院歷史上第3例連體嬰兒的分離手術(shù)。
為進(jìn)一步改善人民群眾的就醫(yī)條件，按照上海市人民政府的規(guī)劃發(fā)展要求，上海市兒童醫(yī)院普陀新院項目于2012年開始動工建設(shè)，以“兒童友好安全”為建設(shè)理念的新院區(qū)于2014年6月1日全面試運行，形成了“一院兩區(qū)”新格局。為打造“精品、人文、智慧”的國內(nèi)一流兒童醫(yī)院創(chuàng)造了條件。
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